古代的斯堪的纳维亚人（Vikings）利用北冰洋干爽寒冷的空气生产一种脆鱼。南美古印第安人利用自然条件冷冻干燥生产一种被称为chuno的马铃薯淀粉。

1890年，阿特曼在制作生物标本时，为防止标本中的成分在有机溶剂中解，采用冷冻干燥法制作标本。

1909年谢盖尔将冻干机引入细菌学和血清学。他采用盐冰预冻，在真空状态下，用硫酸作吸水剂，对抗毒素、狂犬病毒等进行冻干，其设备十分简陋，但却是后来冻干机的雏形。

1935年，第一台商用冻干机问世。自此以后冷冻干燥技术不再是实验室内科学研究的手段。1940年，冻干人血浆投放市场。第二次世界**中，由于需要大量的冻干人血浆和青霉素，因而冻干技术在医药等方面的应用得到迅速发展。

1949年弗洛斯道夫第一本有关冻干技术和理论的书籍。

1951年和1958年在英国伦敦先后召开了第一届和第二届以冻干为主题的专题讨论会。

新中国成立前，在我国只有实验室用简易的冻干装置进行实验。

1953年，卫生部北京和武汉生物制品研究所安装了大型冻干设备，迈出了我国生物制品冻干工业的第一步。后来在其他人用、兽用生物药品厂、生化药厂等制药行业得到飞速的发展。

国内在70年代开始生产制造冻干机，当时由于生产工艺落后，加工水平较低，制造的冻干设备远远落后于国际冻干设备，因此，远不能满足国内冻干生产的要求。

90年代，国内出现多家仿制国际品牌冻干机的生产厂家，其产品都达到了替代进口冻干机要求。

95年开始国内对冻干机提出了新的要求，为满足国家药品生产管理的需要，满足药品生产的冻干机开始大量运用在药品生产中。